Институт ФПМ создан 1 марта 2021 г. на основе кафедр высшей математики №2 и общей физики, и в его состав вошли научно-исследовательские лаборатории сверхпроводниковой микроэлектроники (НИЛ СПМЭ) и электронной микроскопии (НИЛ ЭМИ), а также Центр коллективного пользования «Диагностика и модификация микроструктур и нанообъектов» (ЦКП ДММН).
Миссия Института заключается в развитии профессиональной среды для генерации новых знаний в областях физики конденсированного состояния, физики микро- и наноструктур, методах их исследования и математического моделирования, разработки новых элементов электронных устройств, а также для обеспечения инновационной реализации программ подготовки высококвалифицированных специалистов по направлениям обучения и преподавания фундаментальных математических и физических дисциплин на соответствующем современным требованиям уровне.

