Институт МПСУ им. Л.Н. Преснухина создан 1 сентября 2017 на основе трех кафедр факультета Микроприборов и технической кибернетики (МП и ТК), кафедры факультета Интеллектуальных технических систем (ИТС), Научно-исследовательского института вычислительных средств и систем управления (НИИ ВС и СУ) и других научных подразделений при данных кафедрах. В состав Института МПСУ вошли сотрудники кафедр «Вычислительная техника» (ВТ), «Микроэлектронные радиотехнические устройства и системы» (МРТУС), «Системы автоматического управления и контроля в микроэлектронике» (САУиК), Электротехники и электроники (ЭтЭ). Директором Институт МПСУ по представлению коллектива был назначен докт. техн. наук, доцент Переверзев А.Л.
Кафедра ВТ образована в 1966 г. Заведующим кафедрой в 1966 - 1988 гг. был ректор МИЭТ член-корреспондент РАН, докт. техн. наук, профессор, заслуженный деятель науки и техники РСФСР Преснухин Л.H. С января 1989 г. кафедру возглавлял докт. техн. наук, профессор Бархоткин В.А. С октября 2014 г. и до момента создания Института МПСУ кафедру возглавлял докт. техн. наук, доцент Переверзев А.Л.
Кафедра МРТУС организована в 1968 г. и до 1993 г. называлась кафедрой Схемотехники. Основатель кафедры - докт. техн. наук, профессор Высоцкий Б.Ф., лауреат Государственной премии СССР. В 1973 г. кафедру возглавил докт. техн. наук, профессор Веселов Г.И. В 1985 г. кафедру возглавил крупный специалист в области антенн и СВЧ-микроэлектроники, лауреат Ленинской премии, докт. техн. наук, профессор Егоров Е.Н. В 1992 - 2016 гг. кафедрой руководил канд. техн. наук, профессор Чистюхин В.В. С 2016 г. и до момента создания Института МПСУ кафедру возглавлял почетный работник сферы высшего образования к.ф.-м.н., доцент Лялин К.С.
Кафедра САУиК (первоначальное название - «Промышленная автоматика») образована в марте 1968 г. Кафедру основал и в течение последующих 27 лет возглавлял докт. техн. наук, профессор Сазонов А.А., лауреат Государственной премии СССР, заслуженный деятель науки и техники РСФСР. В 1995 - 2000 гг. кафедрой руководил канд. техн. наук, доцент Поротов В.Н.; в 2001 - 2002 гг. - канд. техн. наук, доцент Демкин В.И. С декабря 2002 г. и до момента создания Института МПСУ кафедрой заведовал докт. техн. наук, профессор Щагин А.В., почетный работник электронной промышленности РФ.
Кафедра ЭтЭ была образована в 2016 году путем объединения двух кафедр: радиоэлектроники (РЭ) и электротехники (ЭТ), история каждой из которых к моменту объединения насчитывала около 50 лет: кафедра РЭ была организована в 1968 г., руководить кафедрой был приглашен доцент МВТУ им. Н.Э. Баумана Ю.А. Трунов. Впоследствии заведующими кафедрой являлись докт. техн. наук, профессор Г.Г. Казеннов (1974 – 1983 гг.), докт. техн. наук, профессор В.А.Кустов (1983 – 2003 гг.), докт. техн. наук, доцент А.В. Гуреев (2003 – 2016 гг.).; кафедра ЭТ была организована 16 октября 1966 года, в разное время кафедрой руководили Ю.М. Мурзин, О.И. Лисов, В.И. Петухов, Д.И. Панфилов, Ю.И. Волков, А.А. Балабанов. С 2016 г. и до момента создания Института МПСУ кафедрой ЭтЭ заведовал докт. техн. наук, профессор Гуреев А.В.
НИИ ВС и СУ был образован в 2004 году на базе одноименной отраслевой НИЛ, организованной по инициативе Преснухина Л.Н. в начале 1970 годов. Основная задача отраслевой НИЛ состояла в разработке вычислительной техники с использованием передовых технологий микроэлектроники.
Уникальный набор междисциплинарных компетенций коллектива позволил выполнить за эти годы множество научно-исследовательских и опытно- конструкторских работ, в результате которых было создано более 100 изделий, из которых более 80 в настоящее время производится серийно на АО «Завод Протон», АО «Завод «Компонент» и др. Научная школа, основанная Л.Н. Преснухиным и ориентированная на решение сложных инженерных задач в области создания вычислительных, управляющих и радиотехнических систем различного назначения, послужила базой для развития Института МПСУ.